Bei der Haltung von Reptilien ist im Gegensatz zu Hund und Katze schon deutlich mehr auch an gesetzlichen Grundlagen zu beachten. Die Regelungen beziehen sich abhängig von der Art auf Besitz und Handel, da die Tiere unter Naturschutz (Bundesnaturschutzgesetz), Tierschutz (Tierschutzgesetz) oder Artenschutz (Bundesartenschutzgesetzt) stehen.

Die Tiere benötigen einen Herkunftsnachweis und für einige ist sogar eine Genehmigung der zuständigen Naturschutzbehörde erforderlich. Dies gilt dabei auch schon für harmlosere Arten, Gift- und Riesenschlangen oder andere potentiell gefährliche Tiere fallen unter die Gefahrtierverordung und sind zum Teil in ihrer Haltung verboten. Ausnahmeregelungen kann es zur Erteilung einer Haltungsgenehmigung geben, wenn der Halter die Kriterien einer besonderen Zuverlässigkeit, sicherheitstechnischen Standards und einer Sachkundeprüfung nachweisen kann.

Wer sich also für die Haltung solcher Tiere interessiert sollte sich sehr genau informieren, da neben den Risiken die von den Tieren selbst ausgehen damit auch ein enormer bürokratischer Aufwand einher geht, der zum Teil in den einzelnen Bundesländern sehr verschieden ist und daher nicht pauschal übertragen werden kann.

Da unter anderem für den Herkunftsnachweis eine Identifikationsmöglichkeit bestehen muss gibt es neben einer regelmäßigen Fotodokumentation (vor allem bei Schildkröten, regelmäßige Fotos auf einem standardisierten schwarz-weiß karierten Untergrund) auch die Möglichkeit einer individuellen Tierkennzeichnung.

Vor allem für besonders geschützte Arten gibt es eine eigene EU-Durchführungsverordnung, die eine fälschungssichere Kennzeichnung der Individuen vorschreibt. Methode und Priorität sind dabei vorgegeben, für bestimmte Schlangenarten beispielsweise ist das Setzen eines Transponders vorgeschrieben. Dabei müssen die Tiere ausreichend groß sein (mind. 200g Körpermasse), ansonsten muss auf alternative Methoden zurückgegriffen werden. Im Gegensatz zum Haussäugetier kann ein solcher Mikrochip nicht subcutan eingesetzt werden, sondern muss am zumeist narkotisierten Tier per Injektion tief intramuskulär gesetzt werden.