Die Haltung eines Tieres in einem sehr begrenzten Raum stellt den Halter vor ein weiteres Problem: die Keimdichte ist um ein Vielfaches höher, als sie das in der Natur wäre und stellt damit ein konsequentes Gesundheitsrisiko für den tierischen Bewohner dar. Gerade ein Terrarium, mit seinem feucht-warmen Milieu stellt einen hervorragenden Nährboden für Keime und Parasiten dar. Daher ist das regelmäßige Wechseln und Säubern von Trinkgefäßen, zügiges Entfernen von Futterresten und Kot und ein regelmäßiges Austauschen des Bodengrundes die Pflicht eines bemühten Terrarianers.

Ein wichtiger Bestandteil hiervon ist eine mindestens sechswöchige Quarantäne neuer Tiere, bevor diese in den Bestand integriert werden können. Damit soll gewährleistet werden, dass keine bestandsgefährdenden Erkrankungen eingeschleppt werden und keine Weiterverbreitung erfolgt. Dazu zählt die Haltung in einem Quarantäneterrarium, was zwar die Grundbedürfnisse der Tiere bezüglich Klima, Rückzugsmöglichkeiten ect. befriedigt, aber dennoch relativ spartanisch eingerichtet ist, um eine regelmäßige Reinigung und Desinfektion zu gewährleisten. Während dieser Zeit wird das Tier genau auf Krankheitssymptome beobachtet, Kotproben sollten parasitologisch untersucht werden und je nach Tierart auch die wichtigsten viralen Erkrankungen ausgeschlossen werden (Herpes, Adeno, Paramyxo ect…)

Sollten dennoch Krankheitserreger ihren Weg ins Terrarium finden ist eine gute Desinfektion unabdingbar. Dazu gehört ein vollständiges Austauschen des Bodengrundes, alle Einrichtungsgegenstände sollten ebenfalls entweder ersetzt oder extremer Hitze oder Kälte ausgesetzt werden und das Terrarium selbst mit entsprechenden Desinfektionsmitteln gereinigt werden. Diese müssen für Terrarien geeignet, gut abwaschbar und für die Tiere unschädlich sein, gleichzeitig aber natürlich effizient gegen die zu erwartenden Keime. Erst danach sollte das Terrarium wieder mit Tieren besetzt werden.