Ganz allgemein spielen die Fütterung und das entsprechende Management eine Hauptrolle in der Haltung und auch bei der Entstehung von Erkrankungen bei Reptilien in menschlicher Obhut. Ein sehr großer Anteil der Erkrankungen der Reptilien in Terrarienhaltung ist auf Fütterungsfehler zurückzuführen, beispielsweise durch eine unausgewogene Diät, Futtertiere minderer Qualität oder falsches Management. Dementsprechend ist die artgerechte, hochwertige und abwechslungsreiche Fütterung eine essenzielle Voraussetzung für ein langes und gesundes Leben. Dafür müssen selbstverständlich die natürlichen Bedürfnisse und Ansprüche der gehaltenen Art bekannt sein. Nur so kann die Futterzusammensetzung möglichst artgerecht gestaltet werden, auch hinsichtlich Frequenz und Menge. Zudem ist das richtige Umfeld zu beachten, so müssen beispielsweise Wasserschildkröten auch im Wasser gefüttert werden. Um Mangelerscheinungen vorzubeugen sollten regelmäßig Mineralstoff- und Vitaminpräparate zugesetzt werden. Diese zählen mit zu den häufigsten haltungsbedingten Erkrankungen bei Terrarientieren.

Grundsätzlich lassen sich herbivore, carnivore, omnivore, insectivore und piscivore Spezies unterscheiden.

Herbivore Arten sind Pflanzenfresser wie viele terrestrische Landschildkröten oder auch der grüne Leguan. Zum Teil gilt auch zu beachten, dass sich die natürliche Ernährung bei manchen Spezies im Laufe des Lebens ändert wie beispielsweise bei Bartagamen. Während Jungtiere noch häufiger auch Insekten fressen werden sie mit zunehmendem Alter mehr zu reinen Pflanzenfressern. Es sollte ein möglichst breit gefächertes Angebot an pflanzlicher Nahrung vorgelegt werden wie rohfaser- und calciumreiche Wiesenkräuter (Löwenzahn, Klee, Wegerich, ect), angemessenes Gemüse (Endivie, Feldsalat, verschiedene Kohlblätter, Gurke, ect) oder auch gelegentlich geringe Mengen Obst (Erdbeere, Apfel, Melone, Himbeere, CAVE Fruchtzucker). Heu, trockenes Gras oder Haferstrohhäcksel können ad libitum angeboten werden, um den Rohfaser- und Ballaststoffanteil zu verbessern. Das Calcium-Phosphor-Verhältnis sollte einen Wert von 1.5-2:1 nicht überschreiten. Zur Substitution können unter anderem Sepiaschalen angeboten werden, die gerne zum Knabbern angenommen werden. Gerade in Freigehegen gehaltene europäische Landschildkröten nehmen trotz ihrer eigentlich herbivoren Lebensweise auch gerne verschiedene Schnecken in ihren Speiseplan auf. Bei der Vorbereitung der Fütterung muss darauf geachtet werden, dass einseitige Verfüttern von sehr oxalsäurehaltigen Pflanzen (z.B. Klee, Sauerampfer, Spinat als Calciumbinder) oder solchen, die viele kropfbildende Stoffe enthalten zu vermeiden, um keine Blasensteine oder Struma zu provozieren. Auch sollte ein gewisser Eiweißgehalt nicht überschritten werden, damit es nicht zur Ausfällung von Kristallen in den Gelenken kommt. Selbstverständlich sollten keine giftigen Pflanzen oder solche, die mit Pestiziden behandelt wurden verfüttert werden. Wie so oft in der Terrarisktik orientiert man sich am besten an dem natürlichen Futterspektum im Herkunftsgebiet des Schützlings.

Als carnivor werden Fleischfresser bezeichnet, die ihre Beute im Allgemeinen im Ganzen, einschließlich Organen und Darminhalt, verspeisen. Dazu zählen die meisten Schlangenarten sowie einige größere Echsen und Schildkrötenarten. Durch die Aufnahme des gesamten Beutetieres ist zumeist auch ein ausgeglichenes Verhältnis von Eiweiß, Vitaminen und Mineralien gewährleistet und Mangelerscheinungen kommen verhältnismäßig selten vor. Zumeist werden Säugetiere in angemessener Größe von (Baby-) Mäusen, Ratten, Kaninchen bis hin zu Ferkeln verfüttert. Abhängig vom natürlichen Beuteschema sind auch andere Reptilien, Vögel oder Fische möglich. Die Verwendung von Lebendfutter ist äußerst umstritten. Zwar wäre dies die dem natürlichen Verhalten am nächsten kommende Form der Fütterung, jedoch birgt dies zum einen die Gefahr, dass vor allem Schlangen von ihren Beutetieren selbst verletzt werden. Zum anderen steht aus Sicht der Beutetiere deren lebendige Verfütterung in einem gewissen ethischen Konflikt, auch im Sinne des Tierschutzgesetzes. Gerade bei Wildfängen kann hier ein erhebliches Problem auftreten, da diese manchmal nur sehr schwer oder gar nicht an tote und gefrorene Beute zu gewöhnen sind. Die Häufigkeit der Fütterung ist abhängig von Alter, Jahreszeit und Sexualrhythmus und zumeist im Gegensatz zu Herbivoren Spezies nicht täglich notwendig. Erwachsene Tiere benötigen deutlich seltener als Jungtiere Futter, männliche Tiere in der Paarungszeit fressen zumeist gar nicht, ebenso wie viele weibliche zu Beginn der Trächtigkeit. Auch vor und während der Winterruhe wird von den Tieren kein Futter angenommen. In Gruppenhaltung sollte die Fütterung nur unter Aufsicht oder aber einzeln in getrennten Boxen durchgeführt werden, um Rangeleien und ernste Verletzungen zu vermeiden.

Omnivore Echsen und Schildkröten benötigen ein sehr breites Spektrum an angebotenem Futter. Dazu zählen neben diversen Gemüsesorten auch tierische Eiweißquellen wie Mehlwürmer, Pinkies, Schnecken, Fische oder Insekten. Dabei ist neben dem Calcium-Phosphor-Verhältnis auch auf den Gehalt an Vitamin A zu achten. Vor allem Insekten sollten mit einem Calcium-Pulver substituiert werden oder gut-loaded verfüttert werden. Ist die Fütterung zu einseitig, kommt es schnell zu Mangelerscheinungen und fütterungsbedingten Erkrankungen. Bei Schildkröten kann es zu auffallenden Verformungen des Panzers kommen. Einige Spezies fressen in der Natur vor allem im Wasser, dieses Verhalten sollte ihnen auch in Gefangenschaft ermöglicht werden. Gerade Echsen reagieren stark auf Bewegungen, daher werden sich bewegende Futtertiere bevorzugt.

Insectivor sind vor allem kleinere Echsen wie verschiedene Gecko-Arten. Grillen, Heuschrecken und Schaben sollten ebenfalls angemessen gefüttert werden, da der Inhalt des Magen-Darm-Tracktes samt Nährstoffen im Endeffekt auch vom Reptil aufgenommen wird (gut-loading). Da zumeist relativ kleine Plastikschalen mit zahlreichen Insekten und trockenen Pellets als Futter im Handel angeboten werden empfiehlt es sich, diese zu Hause in ein eigenes kleines Terrarium umzusetzen und mit Futter und Wasser zu versorgen. Dadurch wird auch ihre Lebensdauer verlängert und sie können auch bei der nächsten Fütterung noch verwendet werden.

Als piscivor bezeichnet man Arten, die sich hauptsächlich von Fisch ernähren wie beispielsweise Matamata-Schildkröten, die vorbeischwimmenden Fischen auflauern. Wie rein fructivore, also Obst fressende Tiere, sind sie unter den Reptilien eher selten.

Die allermeisten lassen sich in die bereits genannten Kategorien einordnen